中央實驗區
正瀚生技全球研發中心之中央實驗區，由種質資源實驗室、表現型態實驗室、生理功能實驗室、代謝調控實驗室及基因信號實驗室所組成。系統而深入地研判農業生產中的重大問題，運用外表型態學、代謝體學、蛋白質體學以及基因體學等知識及技術，解析問題的生物學機制，由巨觀到微觀系統性地提供研究數據，進而提出解决問題的各種對策和方案。
種質資源實驗室
培育整齊度高、符合各項實驗要求的標準苗株，保證各種試驗用材料的精準性和可重複性。以大田作物(指大面積栽培之農作物，如小麥、水稻、玉米、棉花、牧草等)、經濟作物以及具市場潛力的種子為主，並設有種子資料庫，在此基礎上，透過智能氣候室，進行生長環境條件的精確控制和模擬，建立不同氣候環境下，各種作物的材料培養模型。
表現型態實驗室
結合數量統計和成像分析技術，提供作物生長發育進程、表徵及型態的科學化數據。檢測範圍涵蓋株型、器官、組織、細胞和細胞器，由表層直至內部結構，並利用組織化學技術，分析多種成分的組織和細胞分區化數據。從植株各個層次的型態表現，判斷作物生長發育的問題所在，提出解决問題的技術方案。
生理功能實驗室
提供作物生理指標的定量分析數據，針對種子萌芽、營養生長、生殖生長之衰老死亡的整個生活周期，分析光合作用、呼吸作用、養分轉運、水分運輸，以及環境應答等關鍵生理指標的變化。從各個發育階段的生理狀態的變化，判斷作物生理過程的問題所在，提出解决問題的技術方案。
代謝調控實驗室
提供作物代謝要素的定量分析數據。針對碳素固定、氮素同化、能量轉換、二次代謝和氧化防禦等代謝途徑，分析代謝前驅物質、中間成分和最終產物的含量，並檢測相關代謝酵素的活性變化。從主要代謝成分的轉化和調節的變化，判斷作物主要代謝途徑的問題所在，提出解决問題的技術方案
基因信號實驗室
提供作物信號物質和基因表達的定量分析數據，針對發育因子、非生物因子和生物因子的應答信號和響應基因，分析各個發育時期和不同的環境條件下，信號成分和關鍵基因的合成和表達水平和部位。從環境和發育的分子對話情况，判斷作物分子調控途徑的問題所在，提出解决問題的技術方案。
